第 687 期 2017-02-23

研究發展
從多源基因體序列資料中有效組裝出病毒全基因體工具之開發
NHRI researcher develops drVM: a new tool for efficient genome assembly of known eukaryotic viruses from metagenomes

現今使用高通量的次世代定序技術來解析樣本中的病原基因體方法已漸趨成熟,因此可以應用來鑑識出樣本中的病原體;然而,實際上操作、分析這樣的序列資料是須要先配置特定的分析工具,再經過繁瑣的分析步驟與一連串的資料解析程序,才能夠獲得最終想獲得的病原體資訊。

因此,本院群體健康科學研究所廖玉潔助研究員研究團隊開發一套易於使用(user-friendly)且具有圖形化操作介面(graphical user interface)的drVM工具(detect and reconstruct known viral genomes from metagenomes, drVM),來有效地組裝多源基因體(metagenomes)序列資料中的病毒基因體。並將程式包裝成虛擬機器(virtual machine),方便使用者可以直接下載、匯入後使用;除此之外,也提供進階使用者直接使用程式碼和各種通用的映像檔,包括Amazon machine image以及Docker。〈更多內容〉
《文/圖:群體健康科學研究所廖玉潔助研究員》